アメリカ・ニューヨーク。重度の心臓病を患う17歳の少女・こすもは、Rh-AB型という珍しい血液型のため、なかなか臓器提供者が現れず、奇跡を待ちわびる日々を送っていた。
同じ頃、日本最強の巫女である99代日巫子（ひみこ）も、巫女守の日嗣（ひつぎ）と共にニューヨークにいた。99代は車に轢かれそうになった少女を守り命を落とすが、偶然か必然かこすもと同じRh-AB型の99代の心臓はこすもに移植される。
巫女守の日嗣は、99代の心臓を持つこすもを命をかけて守ろうとする。最初はそれだけだったが、次第にこすもは99代の力だけに頼らない100代日巫子として覚醒していく。