キリトが謎のファンタジー世界に入り込み、二年が過ぎた。“北セントリア帝立修剣学院”の“上級修剣士”となったキリトと親友ユージオの二人は、人界最強の秩序執行者“整合騎士”目指し、修行の日々を過ごしていた。“上級修剣士”の二人には、身の周りの世話役があてがわれる。キリトにはロニエ、ユージオにはティーゼ。四人は互いに絆を結び、充実した修士生活を過ごしていた―その時。突然、“悪意”はやってきた。ロニエとティーゼが、下劣な貴族達の罠に嵌められる。それを知ったユージオは彼らに対して剣を抜こうとするも、教会への信仰心で身体が動かない。その時、ユージオの右目を凄まじい激痛が貫き、奇妙なしるしが浮かび上がる。それは、ユージオには読めない神聖文字の羅列だった。―「SYSTEM ALERT」。