時は西暦2030年。超高度ネットワーク社会で凶悪化するサイバーテロや電脳犯罪に対抗すべく、政府は非公認の超法規特殊部隊・公安9課(通称:攻殻機動隊)を組織した。そんなある日、公安9課に所属するトグサに刑事時代の同僚から一本の電話が入る。これは6年前発生した企業テロ事件「笑い男」事件につながるものだった‥‥。『攻殻機動隊S.A.C.』の代名詞ともいえる「笑い男事件」シリーズが、ついに幕を開ける!!
警視庁の謝罪会見現場に6年ぶりに現れた「笑い男」。いまだ犯人の手がかりが何ひとつ掴めていないにもかかわらず、警視庁は突然「ナナオ=A」と呼ばれる男が容疑者として捜査線上に浮上してきたと発表する。公安9課は、すべて警察内部の秘密工作だと睨み、ナナオをマークしつつも、独自捜査で真犯人を追いかける。そんな折、長年の沈黙を破って、ついに真の「笑い男」が姿を現す!! いったい「笑い男」の狙いはなんなのか!?