RGOをやめて自動車ライターとなった荻島は、かつて編集していた「GTカーズ」をweb上で展開し、評判をよんでいた。そんな時、自動車評論家の荒井が、新「GTカーズ」を起こすべく、荻島らを誘いに来た。「読者参加型のドレスアップ中心の合法的な楽しいチューニング」が新「GTカーズ」のメインテーマだが、「首都高最速は誰か?」という本音のテーマがあった! 首都高を舞台に『湾岸ミッドナイト』のセカンドステージが始まる…!!
自動車チューニング誌「GTカーズ」は、デジタル雑誌として再スタートしベスト版の形で、紙の雑誌としても復活した。そんな中、「GTカーズ」に接近してきた有栖ガレージ代表・タカの目的は、かつて製作したコンプリートGT-R(アライズR)を捜し出し、ブラックバード号を撃墜することにあった。そしてタカはついに、自身が完成形と認めたアライズ34R7号車が、ワケありの状態で岡山にあることを知る…!