主人公の如月ハニーは体内に「空中元素固定装置」を内蔵している少女の姿をしたアンドロイド。人間を大きく超える運動能力を持ち、装置によって自在に衣装、所持アイテムを変えられ、その衣装に応じた能力を発揮できる。
宝石や美術品を狙う犯罪組織パンサークローの刺客対キューティーハニーの戦いを、ハニーにメロメロである早見一家とハニーとの愉快なやりとりを交えて描く。ハニーが姿を変えて刺客の前に現れ、対決の時「あるときは○○、またあるときは△△、しかしてその実体は…」と刺客の前に現れた時の姿を告げ、「ハニーフラッシュ!」の掛け声と共に如月ハニーからキューティーハニーに変身、「愛の戦士キューティーハニーさ」と名乗りを上げ[1]、刺客との戦いが始まる。