副題の「Before the fall」とは、『進撃の巨人』本編第1巻で語られる「ウォール・マリア陥落の前」を意味する。物語は、エレン達が活躍する『進撃の巨人』本編の時代から約70年前から始まる。壁の中に進入を許してしまった巨人の吐瀉物の中から、一人の赤ん坊が発見された。やがて成長し、キュクロ(巨人の子)と名付けられた少年は数奇な運命を辿る。そして、彼は未だ巨人と戦うすべを持たなかった人類に希望をもたらす存在となっていく──。
元調査兵団隊長のホルヘがキュクロ達に語る、十五年前の巨人捕獲調査遠征。それは、調査兵団の精鋭に兵器開発の若き天才職人であるアンヘルを加え、巨人の弱点解明を目的とした人類の起死回生の作戦であった。しかし、かつてシガンシナ区に侵入し5000人もの被害者を出した10m級巨人《強欲(マンモン)》の出現により、兵団は潰乱する。しかし、それはこの遠征に参加した兵達にとって絶望の序曲に過ぎなかった。