アインクラッド第二層のボスモンスターを、激闘の果てに倒した“ビーター”のキリトと、その暫定的パートナーである細剣使いアスナは、次なるフロアへの階段を上る。第三層。そこで二人を待ち構えていたのは、フロア全体を深く包み込む大森林と、初めての大型キャンペーン・クエストだった。森の中で戦う二種族のエルフの騎士たち。そのどちらかに加勢することで、クエストは開始される。“ベータテスト”時は必ず相討ちになっていた二人のNPCだが、キリトたちは黒エルフの女性騎士“キズメル”を生き残らせることになぜか成功してしまう。ベータ時との違いに戸惑いながらも、NPCであるキズメルと交流を深める二人。一方、他プレイヤーたちによって、ついに第三層初の“攻略会議”も開催される。そしてその会議の場で、キリトとアスナは、ひとつの重大な選択を迫られる…。